制藥污水來源于生產過程中的清洗過程和分離過程，由于不同的制藥企業生產產品不同，產生的廢水存在較多差異。 化學制藥廢水一般濃度高，難降解；生物制藥廢水濃度低，但對微生物有毒性；中藥廢水濃度較高，色度高，生化性較好。因此，不同廢水的處理方法不同，需根據不同的生產企業定制專業的污水處理方案并實施，才能將污水處理達標排放。 制藥廢水由于具有以上濃度高、色度高、難降解和有部分對生物毒害作用，因此屬于高濃度難降解有機廢水，除上述特征外，部分廢水還含有含鹽量高、氨氮高、硫酸鹽，氯離子、磷酸鹽等無機物含量高，且大部分污水BOD/COD值小于0.3，生化性較差，這些都增加了污水處理的難度。因此，要將制藥廢水處理達標排放，需根據每個工廠所排廢水的實際成分和濃度，定制合理化的工藝路線和處理負荷，才能將污水處理達標排放。 我國從2008年8月1日已經實施《制藥工業水污染物排放標準》，對各類廢水處理提出了不同的要求，對COD的要求不同，發酵類制藥企業和化學合成制藥廢水COD排放標準為120mg/L，中藥制藥廢水排放限值為100mg/L，混裝試劑制藥廢水排放標準為60mg/L，都對各類制藥廢水排放提出了嚴格的要求，以上要求大大高于各發展中國家，接近或達到美國和歐盟標準。因此，需對現有污水處理技術不斷升級和開發，有針對性的進行設計，確保廢水處理后達標排放。